
С 1937 по 1946 год он служил на Тихом океане, с 1942-го командуя эсминцем «Резвый». С 1946 по 1955-й – на Черноморском флоте, где дорос до капитана первого ранга. В октябре 1955 года, окончив Академические курсы офицерского состава при Военно-морской Академии, Лобов – уже контр-адмирал – приехал на Кольский полуостров.
С октября 1955 по июнь 1957 года Семен Михайлович - начальник штаба эскадры, а с июня 1957 по октябрь 1960 года — командующий эскадрой Северного флота. Затем – 1-й заместитель командующего флотом. «В должности первого заместителя командующего Северным флотом второй год, - сообщается о нем в аттестации 1962 года. - Обязанности по должности освоил. Хорошо знает обстановку на флоте. Интересуется всеми вопросами. Театр освоил хорошо. Службой доволен. Работает с большим интересом и ответственностью. Лично тов. Лобов дисциплинирован и исполнителен. Оперативно-тактическая подготовка хорошая. Свои знания и опыт умеет передать подчиненным. Владеет методикой и организацией проведения командно-штабных и тактических учений в масштабе флота. Часто бывает на соединениях и выходит в море для обучения командиров соединений и командиров кораблей. Лично уделяет внимание организации и обеспечению испытаний нового оружия и техники».
С 1964 по 1972 год Лобов командовал Северным флотом, сменив на этой должности адмирала Владимира Касатонова. Это был период, когда флот бурно развивался, кардинально меняясь, время жесткого противостояния с Соединенными Штатами и блоком НАТО. Ценой огромных усилий был обеспечен стратегический паритет с США. Семен Михайлович сыграл выдающуюся роль в развитии Северного флота. В 1968 году флот принял участие в учениях «Север» вместе с Балтийским флотом, а также с флотами ГДР и Польши. В 1970 году североморцы под командованием Лобова участвовали в самых крупных маневрах отечественного ВМФ «Океан», которые одновременно велись в Атлантическом, Северном Ледовитом, Тихом океанах и в прилегающих к ним морях. Действия Северного флота заслужили высокую оценку руководителей страны. Флот показал, что может самостоятельно решать оперативно-стратегические задачи, влиять на ход и исход войны. 28 июля 1970 года Лобову было присвоено звание «адмирал флота».
«Семен Михайлович обладал необыкновенной работоспособностью, очень высоким чувством ответственности, много сил отдавал освоению подводного флота, - вспоминал адмирал флота Владимир Чернавин. - Под флагом адмирала, а с 1970 года адмирала флота С.М. Лобова мне приходилось участвовать во многих флотских учениях. Командующий всегда стремился к глубине замысла. Здесь он был истинным генератором идей, не перекладывая этот труд на своих помощников. Но он не ограничивался личным выдвижением идей, а самым доскональным образом занимался их проработкой, реализацией. Сказывалась его высокая штабная культура, без чего некоторые пытаются обходиться, но без чего невозможен настоящий командующий. Нам эти учения представлялись всегда интересными и по-настоящему поучительными. Руководил учениями Семен Михайлович уверенно и спокойно. Такая четкость, продуманность действий руководителя дает значительно больше, чем последующие умные разборы после не очень продуманных мероприятий. Хотя и разборы командующего Лобова тоже являли собой образец глубокого анализа, точных выводов и конструктивных рекомендаций».
В 1972 году Лобов покинул Северный флот и до 1977 года служил в должности помощника начальника Генштаба Вооруженных сил СССР по Военно-морскому флоту.
Умер он в 1977 году. Северяне помнят Лобова. В Мурманске в его честь названа улица.