
Обитель возникла на берегу реки Нивы в середине XVI века. Первые сведения о ней относятся к 1553-1554 году, когда царь Иван Грозный пожаловал монастырю семь с четвертью луков промысловых и сельскохозяйственных угодий «для монастырского строенья и для лопского крещенья». К 1575 году в монастыре стояли три храма. В писцовой книге Василия Агалина сообщалось, что в обители находятся «церковь Николы Чудотворца да два придела Петр и Павел, да Зосимы и Савватия Соловецких чюдотворцев, да теплая церковь Рождества Пречистые Богородицы, а в церкве образы и книги да колокол один строение царя и великого князя (то есть Ивана Грозного – И.Г.), а три колокола поставил строитель того же монастыря». В Кандалакшском мужском монастыре тогда жили 28 монахов, 3 дьячка, 31 трудник и 70 наемных солеваров.
В 1589 году монастырь и крестьянские дворы были разграблены и сожжены финским отрядом из Остерботнии, подданными шведского короля. Всего погибло 450 человек. Во второй половине XIX века писатель В.И. Немирович-Данченко записал предание о разорении монастыря: «Богатая обитель была. Братин больше трехсот человек считалось. Богачества – невесть сколько. Счету в них монахи не знали. Что утвари этой, что злата, камения самоцветного, и не перечесть!... Скота, угодий… Стояла эта обитель – и вдруг прошел слух, что швед идет на нее. Иноки сейчас скот угнали в горы, сокровища свои все зарыли, колокола бросили в реку и завалили их каменьями. И доселе на дне реки Нивы, в Куйке, виднеются уши большого колокола… Потом стали молиться Богу. Ждать – пождать.… Приходит враг – в обители литургия шла. Швед этому не внял. Всех иноков перебил. Священник выходит с дарами – его рогатиной, диакона тоже. Только старца одного придушить забыли, так Господь ему такую силу дал, что после он один всех триста иноков схоронил и сам на засыпанной могиле помер. Монастырь шведы сожгли и убрались восвояси… И поныне тут мерещится разное. В зимние ночи слышно точно пение, согласное такое, да старинное. Старики сказывают, что тут и видения бывают разные. Да не такое ныне время, праведники не являются…» Через два года после разорения монастырь был возобновлен.
В 1613–1614 году «литовские и немецкие люди и русские воры монастырь выграбили». В 1654–1655 годах на 11 месяцев сюда был заточен Иван Неронов, видный деятель старообрядческого раскола. Во время Соловецкого восстания 1668–1676 годов Кандалакшский монастырь — один из идейных центров раскола. Знаменитые старообрядческие старцы Сила, Алексей и Федор, проведшие в монастыре около 40 лет, привлекали в Кандалакшу множество своих сторонников. В 1693 году обитель сгорела. После восстановления к 1705 году в монастыре стояла пятиглавая церковь Рождества Пресвятой Богородицы. В описи имущества обители 1724 года сказано: промысловых угодий у монастыря 20 луков, «а вотчин и пахотных земель и крестьян нет… соляная варница за хлебной скудостью стоит впусте». Монастырь имел подворья в Коле, Холмогорах и Вологде.
Постепенно все монастырское хозяйство пришло в упадок. Монастырь постоянно находился в долгах. В сентябре 1730 года иеромонах Пахомий занял для покупки хлеба 42 рубля у холмогорца Якова Жеребцова, обязавшись в счет этих денег отдать ему «реку Колвицу» с монастырской избой, семужьей тоней и лесом на шесть лет. В 1738 году в суде рассматривалось дело о взыскании с монахов 28 рублей заимодавцу Алексею Яковлеву. Однако оказалось, что «за крайнею их нищетою ни по которой мере взыскать тот долг неможно, понеже… они претерпевают глад и нужду». В итоге 14 апреля 1742 года по распоряжению архиепископа Архангельского и Холмогорского Варсонофия Кандалакшский монастырь «за скудостью и за неумением братии и служителей» вести хозяйство утратил самостоятельность и был приписан к Соловецкому монастырю. Все его угодья, промысловые заведения и прочее имущество передали новому владельцу, а в 1764 году Кандалакшский мужской монастырь окончательно ликвидировали.